Peter Parker รู้ว่า Doctor Octopus ได้ร่วมมือกับ Arnim Zola และ Hydra เพื่อโจมตี Tri-Carrier โดยออกจาก S.H.I.E.L.D. ไม่ทันระวังตัวและสไปเดอร์แมนก็จากไปเพื่อหยุดการโจมตีเพียงลำพัง เขารวบรวมทีมใหม่ รวมถึงสการ์เล็ต สไปเดอร์ที่น่าวิตก เพื่อหยุดคนร้ายไม่ให้เข้ายึดครองนิวยอร์ก